희귀핵 연구단의 로고는 연구과제 수행에 필수인 희귀 동위원소 빔을 제공할 중이온가속기 시설 ‘라온’의 세부화된 구조를 본 연구단의 이름인 '희귀핵'으로 표현하였다.
또한 원자핵을 구성하는 양성자와 중성자를 대한민국의 포부와 정체성을 나타내는 태극 문양의 색과 동일하게 빨간, 파란 원으로 묘사하였다.
The logo for CENS represents both the Korean phrase '희귀핵', meaning 'exotic nuclei', and a symbolic layout
of RAON, a new heavy-ion accelerator facility in Korea.
Protons and neutrons which comprise atomic nuclei are denoted by the two circles in red and blue, which
are the colors found on the Korean national flag.